川村哲規 研究業績
代表的な研究業績 + 川村からのコメント
Yamada K*, Maeno A*, Araki S, Kikuchi M, Suzuki M, Ishizaka M, Satoh K, Akama K, Kawabe Y, Suzuki K, Kobayashi D, Hamano N, and Kawamura A (*These authors equally contributed to this work) An atlas of seven zebrafish hox cluster mutants provides insights into sub/neofunctionalization of vertebrate Hox clusters
Development, 148(11): dev198325 (2021) [Pubmed] 【プレスリリース 埼玉大学、国立遺伝学研究所、DevelopmentのTwitterで速報】
【ゼブラフィッシュHox研究の第一弾。7つのhoｘクラスター全域を欠失した変異体をCRISPR-Cas9法を駆使して作製した。殆どの学生が体節形成の研究に取り組む中、荒木君が独りで研究をスタートしてくれました。その後、引き継いだ山田君の努力により、7つ全ての変異体が揃い、たくさんの学生たちの努力で表現型解析を行いました。また、この論文で高い評価を得たCT解析を実施して頂いた国立遺伝研の前野哲輝さんとの出会いは、とても大きなものでした。「CTスキャンとかできないのですか？」 学生のなにげない一言が、CT解析を行う発端となりました。現在、Hoxの研究は我々の研究グループのメインテーマへと成長しました。この論文はプロローグに過ぎません。これからが本番です！】
Ban H*, Yokota D*, Otosaka S, Kikuchi M, Kinoshita H, Fujino Y, Yabe T, Ovara H, Izuka A, Akama K, Yamasu K, Takada S, and Kawamura A (*These authors equally contributed to this work)
Transcriptional autoregulation of zebrafish tbx6 is required for somite segmentation.Development 146（18）: dev177063 (2019) [Pubmed] 【プレスリリース 埼玉大学、プレスリリース 基礎生物学研究所】
【全て埼玉大学で得たデータでDevelopment。院生の横田君がtbx6のエンハンサーを標的としたTALENをインジェクションして育て、100匹以上稚魚の尾ヒレを切って、最後の最後に単離した変異体が出発点（TR1変異体)。その後、伴君が引き継いで、intronプローブを用いたin situと免疫染色の二重染色や、約1500個の胚から尾部を切り取ってのクロマチン免疫沈降などの難易度の高い実験を苦労して行ってくれた。】
Fujino Y, Yamada K, Sugaya C, Ooka Y, Ovara H, Ban H, Akama K, Otosaka S, Kinoshita H, Yamasu K, Mishima Y, and Kawamura A Deadenylation by CCR4-NOT complex contributes to the turnover of hairy-related mRNAs in the zebrafish segmentation clock.
FEBS Letters 592: 3388-3398 (2018) [Pubmed]
【現在、京産大の三嶋さんとの共同研究。polyA長を測るPATアッセイにより、分節時計の振動子であるhairy mRNA (her1, her7, hes6)を調べた。その結果、振動子をコードするhairyのmRNAのpolyA長は短く、分解されやすいことを示した。院生の藤野さんが三嶋さんのところまで行って、頑張ってくれたおかげの論文。】
Kinoshita H, Ohgane N, Fujino Y, Yabe T, Ovara H, Yokota D, Izuka A, Kage D, Yamasu K, Takada S, and Kawamura A Functional roles of the Ripply-mediated suppression of segmentation gene expression at the anterior presomitic mesoderm in zebrafish.
Mechanisms of Development 152: 21-31 (2018) [Pubmed]
【ゼブラフィッシュのtbx6変異体とripply1変異体は、それぞれ体節境界が生じません。しかし、ripply1変異体にtbx6のヘテロ変異が加わると、体節境界が復活するということを院生の木下君が見つけてくれた論文。結局、Tbx6とRipply1/2のバランスにより、体節境界が出来たり、出来なかったりすることを遺伝学的なアプローチで示した。木下君は、分子生物学会と小型魚類研究会で優秀ポスター賞を受賞した。】
Kawamura A, Ovara H, Ooka Y, Kinoshita H, Hoshikawa M, Nakajo K, Yokota D, Fujino Y, Higashijima S, Takada S, and Yamasu K
Posterior-anterior gradient of zebrafish hes6 expression in the presomitic mesoderm is established by the combinatorial functions of the downstream enhancer and 3'UTR.
Developmental Biology 130, 532-552 (2016) [PubMed]
【埼玉大学へ赴任後、あまり研究成果が出せず、初心に返り、2005年にGenes Devに報告したhes6/her13.2遺伝子のエンハンサー解析を卒研生であった干川さんと始めた。その後、小原君などが引き継ぎ、初めてのcorresponding authorとして論文を書く。論文を出すことの大切さを再認識した論文。】
Kawamura A, Koshida S, and Takada S.
Activator-to-repressor conversion of T-box transcription factors by the Ripply family of Groucho/TLE-associated mediators.
Molecular and Cellular Biology 28, 3236-3244 (2008) [PubMed]
【2005年のDevelopmetal Cellに報告した際には機能が不明であったRipplyについて、T-box型転写因子との関連を示した論文。試しに行ったルシフェラーゼ・アッセイで、Tbx6/Tbx24によるリポーター遺伝子の活性化がRipplyを加えると殆ど検出できないくらいにまで抑制された。最初、測定器のルミノメーターが壊れているのではないかと疑ったくらい(Figure 1C)。】
Kawamura A, Koshida S, Hijikata H, Ohbayashi A, Kondoh H, and Takada S.
Groucho-associated transcriptional repressor ripply1 is required for proper transition from the presomitic mesoderm to somites.
Developmental Cell 9, 735-744 (2005) [PubMed]
【in situ hybridizationスクリーニングにより見出した新規遺伝子ripplyの機能を報告した論文。スクリーング時、明らかに既存のものと異なる発現パターンに一目惚れ (Figure 2D)。モルフォリノでノックダウンした際、体節境界が全くできない表現形を観察した時の感動は、今でも鮮明に覚えています (Figure 3)。さざ波のような発現パターンから、私がRipplyと名付けた遺伝子は、今や体節形成における最重要遺伝子のひとつに成長したと言えるだろう。創刊から数年経たCell姉妹誌 Developmental Cellへ掲載。とても反響がありました。】
Kawamura A, Koshida S, Hijikata H, Sakaguchi T, Kondoh H, and Takada S.
Zebrafish hairy/enhancer of split protein links FGF signaling to cyclic gene expression in the periodic segmentation of somites.
Genes and Development 19,1156-1161 (2005) [PubMed]
【学生時代からずっと憧れていたGenes and Developmentへの掲載。当時、分節のタイミングを測る分節時計の制御に関して、NotchシグナルとFGFシグナルの関与が示されていましたが、両者がどのように統合されて、分節時計が制御されているのかを世界で初めて示した論文。hairy/enhancer of split(Hes or Her)はNotchシグナルの下流で働くと考えられてきたが、in situ hybridizationスクリーニングにより同定したhes6/her13.2はFGFシグナルの下流で働き、Notchシグナル下流のHer1/7タンパクと結合することで両者のシグナルが統合されることを示した。絶妙な制御機構が備わっているものだと感心した覚えがあります。】
原著論文 一覧
Yamada K*, Maeno A*, Araki S, Kikuchi M, Suzuki M, Ishizaka M, Satoh K, Akama K, Kawabe Y, Suzuki K, Kobayashi D, Hamano N, and Kawamura A (*These authors equally contributed to this work) An atlas of seven zebrafish hox cluster mutants provides insights into sub/neofunctionalization of vertebrate Hox clusters
Development, 148(11): dev198325 (2021) [Pubmed]
Akama K, Ebata K, Maeno A, Taminato T, Otosaka S, Gengyo-Ando K, Nakai J, Yamasu K, and Kawamura A
The role of somite patterning in the formation of Weberian apparatus and pleural rib in zebrafish.
Journal of Anatomy 236(4): 622-629 (2020) [Pubmed]
Ban H*, Yokota D*, Otosaka S, Kikuchi M, Kinoshita H, Fujino Y, Yabe T, Ovara H, Izuka A, Akama K, Yamasu K, Takada S, and Kawamura A (*These authors equally contributed to this work)
Transcriptional autoregulation of zebrafish tbx6 is required for somite segmentation.
Development, 146(18): dev177063 (2019) [Pubmed]
Fujino Y, Yamada K, Sugaya C, Ooka Y, Ovara H, Ban H, Akama K, Otosaka S, Kinoshita H, Yamasu K, Mishima Y, and Kawamura A Deadenylation by CCR4-NOT complex contributes to the turnover of hairy-related mRNAs in the zebrafish segmentation clock. FEBS Letters 592: 3388-3398 (2018) [Pubmed]
Kinoshita H, Ohgane N, Fujino Y, Yabe T, Ovara H, Yokota D, Izuka A, Kage D, Yamasu K, Takada S, and Kawamura A Functional roles of the Ripply-mediated suppression of segmentation gene expression at the anterior presomitic mesoderm in zebrafish. Mech. Dev. 152: 21-31 (2018) [Pubmed]
Taminato T*, Yokota D*, Araki S, Ovara H, Yamasu K, and Kawamura A (*These authors equally contributed to this work)
Enhancer activity-based identification of functional enhancers using zebrafish embryos.
Genomics108,102-107 (2016) [PubMed]
Kawamura A, Ovara H, Ooka Y, Kinoshita H, Hoshikawa M, Nakajo K, Yokota D, Fujino Y, Higashijima S, Takada S, and Yamasu K
Posterior-anterior gradient of zebrafish hes6 expression in the presomitic mesoderm is established by the combinatorial functions of the downstream enhancer and 3'UTR.
Dev. Biol. 130, 532-552 (2016) [PubMed]
Nakayama Y, Kikuta H, Kanai M, Yoshikawa K, Kawamura A, Kobayashi K, Wang Z, Khan A, Kawakami K, and Yamasu K
Gbx2 functions as a transcriptional repressor to regulate the specification and morphogenesis of the mid-hindbrain junction in a dosage- and stage-dependent manner.
Mech. Dev. 130, 532-552 (2013) [PubMed]
Khan A, Nakamoto A, Okamoto S, Tai M, Nakayama Y, Kobayashi K, Kawamura A, Takeda H, Yamasu K
Pou2, a class V POU-type transcription factor in zebrafish, regulates dorsoventral patterning and convergent extension movement at different blastula stages
Mech. Dev.129, 219-235 (2012) [PubMed]
Khan A, Nakamoto A, Tai M, Saito S, Nakayama Y, Kawamura A, Takeda H, and Yamasu K
Mesendoderm specification depends on the function of Pou2, the class V POU-type transcription factor, during zebrafish embryogenesis
Develop. Growth Differ.54, 686-701 (2012) [PubMed]
Okubo T, Kawamura A, Takahashi J, Yagi H, Morishima M, Matsuoka R, and Takada S
Ripply3, a Tbx1 repressor, is required for development of pharyngeal apparatus and its derivatives in mice
Development 138, 339-348 (2011) [PubMed]
Ota S, Tonou-Fujimori N, Nakayama Y, Ito Y, Kawamura A, and Yamasu K
FGF receptor gene expression and its regulation by FGF signaling
during early zebrafish development.
Genesis 48, 707-716 (2010) [PubMed]
Kawamura A, Koshida S, and Takada S.
Activator-to-repressor conversion of T-box transcription factors by the Ripply family of Groucho/TLE-associated mediators.
Mol. Cell. Biol. 28, 3236-3244 (2008) [PubMed]
Akanuma T, Koshida S, Kawamura A, Kishimoto Y, and Takada S.
Paf1 complex homologues are required for Notch-regulated transcription during somite segmentation.
EMBO Rep. 8, 858-863 (2007) [PubMed]
Shiurba R, Hirabayashi T, Masuda M, Kawamura A, Komoike Y, Klitz W, Kinowaki K, Funatsu T, Kondo S, Kiyokawa S, Sugai T, Kawamura K, Namiki H, and Higashinakagawa T
Cellular response of the ciliate, Tetrahymena thermophila, to far infrared irradiation.
Photochem. Photobiol. Sci. 5, 799-807 (2006) [PubMed]
Kawamura A, Koshida S, Hijikata H, Sakaguchi T, Kondoh H, and Takada S.
Zebrafish hairy/enhancer of split protein links FGF signaling to cyclic gene expression in the periodic segmentation of somites.
Genes Dev. 19,1156-1161 (2005) [PubMed]
Kawamura A, Koshida S, Hijikata H, Ohbayashi A, Kondoh H, and Takada S.
Groucho-associated transcriptional repressor ripply1 is required for proper transition from the presomitic mesoderm to somites.
Dev. Cell. 9, 735-744 (2005) [PubMed]
Komoike Y, Kawamura A, Shindo N, Sato C, Satoh J, Shiurba R, and Higashinakagawa T.
Zebrafish Polycomb group gene ph2a? is required for epiboly and tailbud formation acting downstream of FGF signaling.
Biochem. Biophys. Res. Commun. 328, 858-866 (2005) [PubMed]
Kawamura A, Yokota S, Yamada K, Inoue H, Inohaya K, Yamazaki K, Yasumasu I, and
Higashinakagawa T
pc1 and psc1, zebrafish homologs of Drosophila Polycomb and Posterior sex combs, encode nuclear proteins capable of complex interactions.
Biochem. Biophys. Res. Commun. 294, 456-463 (2002) [PubMed]
Kawamura A, Yamada K, Fujimori K, and Higashinakagawa T
Alternative transcripts of a polyhomeotic gene homolog are expressed in distinct regions of somites during segmentation of zebrafish embryos.
Biochem. Biophys. Res. Commun. 291, 245-254 (2002) [PubMed]
総 説
川村 哲規、越田澄人、高田 慎治
Groucho結合因子Ripply1による分節プログラムの制御
細胞工学 25: 272-273 (2006).
